Стефан Нойков Нойков е български военен деец.

Роден е в Сливен. През 1897 година завършва Военното училище в София. Като младши офицер служи в артилерията. От 1901 година е поручик, а от 1907 - капитан. През 1909 година завършва Генералщабна академия в Торино, Италия, след което е командир на 8 Приморски полк и на Военното училище. През Балканската война е дружинен командир.

При включването на България в Първата световна война (октомври 1915) Стефан Нойков е произведен в чин подполковник и е назначен за началник-щаб на 4 Преславска дивизия. По-късно, като началник на Оперативния отдел в Щаба на действащата армия участва в подготовката на голяма част от военните операции на българската войска по време на Първата световна война. На 14 октомври 1917 година е повишен в чин полковник.

След войната е началник на канцелария в Министерството на войната. Стефан Нойков е един от малцината висши офицери, които подкрепят правителствата на БЗНС. През март 1923 година води българската делегация при преговорите по подписването на Нишката спогодба. През същата година той е готвен за посланик в Италия, но поради уволняването на началника на Щаба на войската генерал Топалджиков, е назначен на този пост и го заема в периода май-юни 1923 година.

Стефан Нойков е автор на военно-исторически и военно-теоретични трудове. Неговата книга "Защо не победихме" (София 1922) предизвиква много коментари в българското общество през 20-те години на ХХ век.

Загива при атентата в църквата „Света Неделя“.